O Payup vai funcionar pra mim se eu tiver regras de pagamento diferentes para cada tipo de acomodação?

Infelizmente, isso não é possível no momento e você precisa usar as mesmas condições de pagamento para ambos para implementar o Payup. Sugerimos que você escolha um meio termo que irá funcionar para ambas as opções via Payup para se beneficiar seu sistema de pagamento simplificado.